Governi, scienziati e istituti di ricerca stanno utilizzando la tecnologia e l’innovazione per affrontare il COVID-19.
Sono stati sviluppati strumenti open source e alcuni continuano a essere testati per supportare gli sforzi che sono stati implementati per ridurre al minimo gli esiti di questo virus mortale.
Esiste già una gamma di strumenti open source che aiutano i ricercatori a conoscere la malattia, a identificare la diffusione, a prevenirla e a ridurre al minimo l’ulteriore diffusione e i decessi. Una serie di progetti è disponibile presso il Ecosistema educativo che delinea come utilizzare diversi strumenti.
Questo articolo esamina alcuni degli strumenti e delle librerie open source utilizzati per il monitoraggio, la prevenzione e il contenimento, la diagnosi e il trattamento del COVID-19.
Sommario:
Mappa di monitoraggio COVID-19
A gennaio, il Center for Systems Science and Engineering della JHU ha lanciato a Mappa di monitoraggio globale COVID-19 che è diventata rapidamente una fonte attendibile a livello internazionale dei dati in tempo reale sulla pandemia in evoluzione.
La mappa è open source ed è stata utilizzata per alimentare gli sforzi di ricerca e visualizzazione da parte delle principali organizzazioni dei media, piccole organizzazioni e governi locali.
DXY-COVID-19-Crawler
DXY-COVID-19-Crawler è uno dei primi progetti open source sviluppati per rispondere a COVID-19 a gennaio.
Gli sviluppatori hanno utilizzato i dati di DXY.cn, un sito utilizzato dai medici cinesi per segnalare e tenere traccia dei casi. Hanno sviluppato un web crawler che raccoglieva dati dal sito e li rendeva disponibili tramite un’API e un data warehouse. Il codice è disponibile su Github.
Kit di dati aperti
Kit di dati aperti (ODK) non è uno strumento nuovo. È stato utilizzato in precedenza durante le epidemie di Ebola in Africa occidentale nel 2004 e l’epidemia più recente nella Repubblica Democratica del Congo nel 2019.
Aiuta principalmente gli utenti a raccogliere, gestire e utilizzare i dati nel tracciamento dei contatti, nella mappatura strategica, nel supporto decisionale, nella sensibilizzazione della comunità e nella gestione dei casi.
La comunità ODK ha ulteriormente avanzato il suo utilizzo in risposta al COVID-19 rendendo disponibile un modulo di segnalazione nelle sue distribuzioni. Il modulo è progettato secondo il protocollo dell’Organizzazione mondiale della sanità per indagare sui casi e tracciare i contatti e le indagini.
Gli sviluppatori principali offrono inoltre supporto gratuito a qualsiasi organizzazione che abbia implementato ODK in risposta a COVID-19.
Nextstrain
Nextstrain segue l’evoluzione dei patogeni. È stato precedentemente utilizzato per elaborare la storia familiare di una malattia, consentendo quindi la previsione della progressione della malattia.
È stato utilizzato con successo in precedenti epidemie, come l’Ebola. Attraverso i dati genetici della Global Initiative on Sharing All Influenza Data (Gisaid), Nextxtrain viene utilizzato per affrontare il COVID-19.
DHIS2
Probabilmente lo sai già DHIS2. È il più grande sistema di gestione delle informazioni sanitarie al mondo. È utilizzato in più di 70 paesi. Come parte della risposta a COVID-19, DHIS2 ha rilasciato un pacchetto di dati digitali che accelera il rilevamento, la segnalazione, la sorveglianza e il trattamento delle infezioni.
Il pacchetto di dati digitali DHIS2 utilizza metadati standard allineati con il protocollo dell’OMS sulla definizione e la sorveglianza dei casi di COVID-19 per consentire una rapida implementazione e risposta.
Pikobar Giava occidentale
Il Centro di informazione e coordinamento per le malattie e i disastri dell’Indonesia è un centro di risposta alle crisi formato per mitigare e rispondere al COVID-19 nella provincia di West Java in Indonesia.
Il Jabar Digital Service ha, come parte della risposta, sviluppato un strumento web e app open source che consente agli utenti di accedere agli ultimi dati COVID-19.
ApriMRS
OpenMRS è un sistema di assistenza ai pazienti utilizzato in molti paesi in via di sviluppo in tutto il mondo. Grazie alla flessibilità del Sistema OpenMRSi paesi che hanno avuto a disposizione risorse sanitarie limitate possono utilizzarlo per la sorveglianza, lo screening e il trattamento del COVID-19.
Il sistema può aiutarli a espandere le loro capacità dando loro accesso a informazioni scientifiche su come affrontare la crisi.
ApriLMIS
Il Progetto OpenLMIS fa uso di una tattica incentrata sulla comunità per sviluppare un sistema informativo di gestione della logistica open-source e regolabile. Il sistema OpenLMIS cerca di migliorare l’accuratezza dei dati, aumentare la responsabilità, migliorare la tempestività dei dati e la visibilità.
Il sistema OpenLMIS cerca di migliorare le catene di approvvigionamento sanitario, l’inventario delle risorse mediche per fornire un quadro chiaro delle forniture mediche disponibili, compresi i kit di test e i DPI (dispositivi di protezione individuale). Questo strumento può essere efficacemente implementato per supportare i decisori nell’allocazione delle risorse in risposta a COVID-19.
Siti sanitari
Il Progetto di mappatura globale dei siti sanitari è un progetto volto a mappare ogni struttura sanitaria del mondo e rendere facilmente accessibili i dettagli di ogni ospedale. I dati sulle strutture sanitarie sono stati resi accessibili tramite un’API.
Collaborando con gli utenti, il team di healthsites.io acquisisce e convalida la posizione e i dettagli di contatto di ciascuna struttura sanitaria e rende i dati liberamente disponibili e accessibili tramite una licenza Open Data.
SORMAS
SORMAS (Sistema di gestione e analisi della risposta alle epidemie di sorveglianza) è un sistema di sanità elettronica mobile open source. È stato utilizzato per implementare il controllo delle malattie e le procedure di gestione delle epidemie.
È stato effettivamente impiegato in diversi paesi, tra cui Ghana, Nigeria, Nepal e Fiji, per la sorveglianza e la diagnosi precoce del COVID-19.
SORMAS è un sistema open source gratuito che segue gli standard di protezione dei dati.
Tokio COVID-19
A differenza di molte altre città e governi, il Governo metropolitano di Tokyo ha sviluppato un sito Web open source che informa i suoi residenti su COVID-19. Rendendolo open-source, il sito ha ricevuto contributi da oltre 200 utenti. Altre tre città, Chiba, Nagano e Fukuoka, hanno ricreato il sito web.
ApriELIS
Lo scopo del Sistema sanitario OpenELIS è quello di migliorare l’assistenza sanitaria fornendo un sistema di gestione delle informazioni di laboratorio progressivo e basato su standard che può essere utilizzato da varie iniziative sanitarie per migliorare le opzioni terapeutiche.
L’epidemia di COVID-19 ha rappresentato una sfida globale per il tracciamento dei contatti e i test di massa dei casi sospetti. Il sistema OpenELIS può essere efficacemente implementato nella lotta al COVID-19 per facilitare il monitoraggio dei test e dei risultati di laboratorio.
Il Toolkit per la salute della comunità è una raccolta di strumenti open source e risorse ad accesso aperto che mirano a creare e distribuire strumenti digitali da utilizzare in iniziative di salute della comunità in aree difficili da raggiungere.
La comunità di sviluppatori di Community Health Toolkit si è mobilitata per sviluppare strumenti e risorse che mirano a supportare gli operatori sanitari della comunità per affrontare COVID-19.
CHIAMATA
Il Modello di impatto ospedaliero COVID-19 per le epidemie (CHIME) è un’applicazione open source sviluppata dai data scientist della Penn Medicine – University of Pennsylvania. È uno strumento online che consente agli ospedali di prevedere l’impatto del virus sulle risorse sanitarie.
È sviluppato utilizzando Python e la dipendenza open source dei panda.
Mappa della cura COVID
Il Mappa della cura COVID aiuta a mappare le risorse sanitarie già esistenti e a prevedere le lacune nei letti ospedalieri, nei ventilatori, nelle forniture mediche e nel personale. Tutti i metodi, gli strumenti di elaborazione dei dati, le visualizzazioni e il codice sorgente sono gratuiti e open-source.
Il progetto COVID Care Map cerca di anticipare e agire per raccogliere supporto per prendersi cura in modo efficace del numero in rapida crescita di infezioni da COVID-19 e di coloro che necessitano di terapia intensiva.
Locale.ai
Locale.ai ha sviluppato una visualizzazione interattiva open-source di tutti i casi confermati di COVID-19 in tutto il mondo. Interroga il set di dati open source della John Hopkins University.
Locale.ai ha sviluppato il Sito Web di visualizzazione COVID-19 dall’uso di Vue.js, un framework popolare che consente agli sviluppatori di creare app Web moderne.
COVID-19 in tutto il mondo
Questa app utilizza una visualizzazione della mappa per monitorare la diffusione di COVID-19, i casi confermati e lo sviluppo della malattia in tutto il mondo. Utilizza i dati di John Hopkins CSSE.
Inseguitore di coronavirus
Questa è un’app Shiny sviluppata da John Coene. Tiene traccia della diffusione di COVID-19 utilizzando i dati di John Hopkins, DXY data e Weixin. L’app mostra il numero di casi sospetti, confermati e recuperati per ora e regione. Il codice è disponibile su Github.
Casi globali di COVID-19
Casi globali di COVID-19 è un’app Shiny sviluppata da Christoph Schoenenberger che mostra gli sviluppi di COVID-19 su una mappa, grafici, tabelle riassuntive e cifre. Il suo codice è disponibile su Github.
Governi e COVID-19
Questa è un’app Shiny sviluppata da Sebastian Engel Wolf. Mappa la crescita esponenziale di COVID-19, i giorni per raddoppiare le infezioni, i casi confermati, il tasso di mortalità e il numero di casi confermati per 100.000 persone in diverse regioni. Il codice è disponibile su Github.
Avvolgendo
La comunità open source ha risposto in modo rapido ed efficace alla pandemia di COVID-19. Molti progetti sono stati realizzati e continuano a essere realizzati per contrastare la diffusione della malattia. Questo articolo descrive alcuni dei progetti. C’è ancora incertezza su come la malattia progredirà nelle prossime settimane. Altri progetti in grado di sfruttare le tecnologie open source esistenti troveranno un posto nella lotta contro questa malattia mortale.
Rimani al sicuro!
Articolo del Dr. Michael J. Garbade, CEO, Education Ecosystem