Stai cercando di creare un cladogramma partendo da una tabella? Fortunatamente, esistono diversi strumenti che possono semplificare notevolmente questo processo.
Ricordiamo tutti, dalle lezioni di biologia, come ogni essere vivente sia collegato in qualche modo: le scimmie come antenati degli umani, il legame nella catena alimentare e molti altri esempi.
Un cladogramma è un diagramma che illustra le relazioni evolutive tra gli organismi, basandosi su dati come sequenze di DNA, caratteristiche fisiche e fenotipi. È una rappresentazione ad albero che permette di classificare i cladi in base a somiglianze, percorsi evolutivi e adattamenti. L’ipotesi più plausibile viene definita confrontando e disegnando diversi cladogrammi.
Le linee nel cladogramma rappresentano le direzioni del clade, indicando le relazioni con antenati o altri gruppi di organismi. Si possono tracciare facilmente linee che partono e terminano da ipotetici antenati.
Gli organismi vengono classificati in base a dati molecolari, morfologici e, nel caso degli animali, comportamentali. Per generare i cladogrammi si utilizzano algoritmi che cercano di ottimizzare i risultati in base ai dati forniti. L’obiettivo è trovare la soluzione più appropriata, spesso utilizzando un approccio di ricottura simulata per garantire la ricerca della soluzione ottimale.
Detto questo, ecco alcuni strumenti utili per la creazione di cladogrammi:
Creately
Con Creately, visualizzare le relazioni tra le specie è semplice e intuitivo. Questo strumento è pensato per rappresentare in modo efficace e creativo i rapporti filogenetici. È un modo eccellente per rappresentare diverse specie biologiche, offrendo le seguenti funzionalità:
- Esportazione di immagini in PDF, SVG e PNG per la condivisione e la stampa
- Diversi modelli per la creazione di diagrammi filogenetici e cladogrammi
- Visualizzazione semplice delle relazioni su tela
Creately mette a disposizione librerie ricche di forme, tra cui chiavi dicotomiche, reti alimentari, alberi filogenetici e vari modelli per raggruppare gli organismi. L’interfaccia consente di creare relazioni in modo semplice grazie al trascinamento, offrendo opzioni avanzate per la formattazione del testo e temi di colore personalizzabili.
Lo strumento consente di aggiungere immagini di animali con il semplice drag-and-drop e dispone di connettori dinamici per espandere, ruotare e ridimensionare i diagrammi senza interruzioni. È possibile creare cladogrammi dinamici, utilizzando immagini di Google, per centralizzare i dati di ricerca. Creately offre inoltre una tela infinita, ricerca full-text, strumenti integrati e tabelle versatili.
La collaborazione è facilitata da cursori in tempo reale, sezioni di commenti per le discussioni e funzionalità di videoconferenza.
Insight Maker
Insight Maker offre un modo semplificato per creare modelli direttamente nel browser web. Permette di costruire diagrammi di loop causali e immagini dettagliate, creando simulazioni per varie esigenze. È utile per simulare le interazioni tra le popolazioni e definire il comportamento degli agenti.
Le caratteristiche principali di Insight Maker includono:
- Utilizzo diretto nel browser web, senza necessità di plugin o download
- Possibilità di posizionare le idee su una tela per creare modelli di simulazione, immagini dettagliate e analisi approfondite
- Utilizzo di algoritmi di simulazione per iniziare a creare modelli basati su agenti e dinamiche di sistema
- Collaborazione in team e condivisione dei progetti
- Creazione gratuita di modelli, sfruttando la potenza della creatività
Inoltre, gli utenti possono esplorare i cladogrammi creati da altri, facilitando il brainstorming e la ricerca di soluzioni efficaci.
Guliford
Utilizzando SimpleClade di Guliford è possibile realizzare analisi cladistiche ideali. Offre un’interfaccia grafica semplice per facilitare il lavoro nelle classi di paleontologia. Il software è facile da installare e utilizzare.
Gli utenti possono creare file di dati CSV e iniziare a generare i cladi. Il processo di utilizzo include la gestione di valori di differenziazione che si apprendono rapidamente. Gli utenti possono etichettare cladi come “UNUSED” se non li utilizzano, inserendo i valori degli altri cladi.
Gli utenti possono selezionare nodi per esplorare le proprie query, modificare le connessioni se necessario, calcolare le statistiche di parsimonia, collegare la radice orizzontale per l’outgroup e visualizzare i cambiamenti di stato del tratto.
IUBio
IUBio è un altro strumento popolare per creare cladogrammi, eurogrammi, swoopogrammi, curvogrammi, fenogrammi e diagrammi ad albero. È facile da usare: basta caricare il file dell’albero (o incollare l’URL), specificare il titolo e inviare i dettagli.
Gli utenti possono selezionare opzioni extra per personalizzare l’output, come l’URL di base per le etichette, lo stile, il carattere e la dimensione. Permette anche di scegliere la direzione di crescita dell’albero e la posizione dei nodi per un aspetto ottimale.
Questo strumento online supporta vari database come Artropodi, DroSpeGe, enGenes e wFleaBase, offrendo accesso pubblico agli utenti nel campo della bioinformatica e della biologia molecolare. IUBio include risorse come il genoma di Drosophila, strumenti di analisi delle sequenze, conversioni di sequenze biologiche ed editor per vari usi.
Conclusione
I creatori di cladogrammi permettono di rappresentare le linee evolutive con rami, indicando il numero di cambiamenti genetici dovuti a sostituzioni di nucleotidi. È anche semplice mostrare le sottocategorie in base alla percentuale di variazione nelle sequenze.
È fondamentale mantenere la struttura ad albero, concentrandosi sui rami e i nodi (sia interni che esterni, ovvero foglie e punte). Il diagramma include anche l’orologio molecolare per identificare gli ultimi antenati comuni.
Inizia subito a utilizzare questi strumenti per creare i tuoi cladogrammi e ottenere i risultati desiderati.